V depozitáři Škoda Auto Muzea jsou uskladněny vozy, které nejsou právě v muzeu vystaveny. Některé z nich již byly vystaveny během tématických výstav, další čekají na renovaci a řada z nich ještě vystavena nebyla. Depozitář má dvě podlaží a jsou v něm uloženy zajímavé vozy značky Škoda, včetně zkušebních prototypů. Na této stránce jsou převážně veteráni značky Škoda a sportovní vozy umístěné v depozitáři během jeho návštěvy v dubnu 2003.