V depozitáři Škoda Auto Muzea jsou uskladněny vozy, které nejsou právě v muzeu vystaveny. Některé z nich již byly vystaveny během tématických výstav, další čekají na renovaci a řada z nich ještě vystavena nebyla. Depozitář má dvě podlaží a jsou v něm uloženy zajímavé vozy značky Škoda, včetně několika zkušebních prototypů, které se nedostaly do sériové výroby. Na této stránce jsou všechny prototypy, které byly v době návštěvy (duben 2003) v depozitáři umístěny. Snímky vozů z depozitáře jsou doplněny několika fotografiemi z knihy Let okřídleného šípu, vydané ke stoletému výročí založení firmy Laurin&Klement/Škoda.